Pondok Pesantren Daarul Ukhuwwah ( PPDU ) yang berdiri pada hari jum’at tanggal 1 Muharram 1431 H bertepatan dengan 18 Desember 2009 M adalah sebuah pesantren yang menjadi milik wakaf umat islam yang dalam hal ini dekelola oleh Badan Wakaf Pondok Pesanten Daarul Ukhuwwah, bukan menjadi milik orang per-orang atau para donatur atau kyai dan keturunannya. Hal ini dimaksudkan supaya pesantren ini menjadi pesantren unggulan yang hidup terus – menerus sampai Allah menghendaki, tidak mati karena kyainya sudah meninggal dan tidak melenceng dari tujuan asal didirikan sehingga menjadi medan amal jariah bagi setiap umat islam yang ingin memberikan kontribusinya

Pengelolaan yang dilakukan oleh Badan Wakaf tidak berkaitan secara teknis kegiatan pengasuahan dan belajar mengajar di dalam PPDU. Sedangkan kegiatan secara teknis yang berkaitan dengan pengasuhan dan belajar mengajar dilakukan oleh dewan pengasuh Pondok Pesantren yang dipimpin oleh Pimpinan PPDU dibantu oleh para direktur dan staff.